Das Weingut zählt zu den traditionsreichsten Betrieben Deutschlands. Bereits im 18. Jahrhundert waren die hier erzeugten Weine berühmt, seit 1784 existieren lückenlose Aufzeichnungen über die Qualität der Ernten. 1775 soll hier die Spätlese erfunden worden sein, als die bischöfliche Erlaubnis zum Lesebeginn verspätet und erst nach Vollreife der Trauben eintraf, so die Legende. Auch wenn ihr Wahrheitsgehalt im Spekulativen liegt, etablierte das Schloss Johannisberg in den folgenden Dekaden seinen Ruf als Spitzenbetrieb für edelsüße Rieslinge. Mittlerweile ist der Großteil der Weine auf Schloss Johannisberg trocken und der Betrieb Teil der Henkel-Freixenet Gruppe. Seit 2015 wird das Weingut von Stefan Doktor und Marcel Szopa als Doppelspitze geleitet, nachdem Christian Witte es ab 2005 nach einigen eher klanglosen Jahren wieder an die Spitze der Region geführt hatte. Auf Johannisberg wird ausschließlich Riesling angebaut. Die Weinberge umgeben voll arrondiert das Schloss und bilden die Monopollage Schloss Johannisberg. Wie überall im mittleren Rheingau sind die Böden lehm-löss-haltig, gespickt mit Steinen aus Taunusquarzit, der mit rotem Ton durchzogen ist. Die Trauben für die trockenen Spitzenweine stammen größtenteils aus einem bis zu 45 Prozent steilen südwest-exponierten Stück mit vergleichsweise höherem Stein- und niedrigerem Lössanteil. Nach wie vor keltert das Weingut edelsüße Weine in allen Prädikatsstufen vom Kabinett bis zur Trockenbeerenauslese. Wenn der Jahrgang es zulässt, gibt es auch einen Eiswein wie zuletzt 2008 und 2018. Entgegen der Tradition aus dem 18. Jahrhundert wollen Stefan Doktor und Marcel Szopa die Weine bis hin zur Auslese seit 2016 frei von Botrytis halten, um reintönige Weine ohne Botrytisnoten zu keltern, was aber in einem Jahrgang wie 2021 nicht möglich war. Die Weine werden teils im Edelstahl, teils in großen Eichenholzfässern ausgebaut, bisher ausschließlich in Stückfässern, ab 2023 wird es auch Doppelstückfässer geben. Im trockenen Bereich wurde das Portfolio ab dem Jahrgang 2017 um einen weiteren Wein an der Spitze ergänzt: Der Goldlack – den Namen trug zuvor die Trockenbeerenauslese – ist eine Selektion der besten Fässer des Silberlack Großen Gewächses und reift 36 Monate auf der Feinhefe in großen ungetoasteten Eichenfässern. Ein Alleinstellungsmerkmal ist die Schatzkammer auf Schloss Johannisberg. In der Bibliotheca Subterranea lagern Weine der vergangenen Jahrhunderte, die alle 25 Jahre neu verkorkt und bei Bedarf nachgeschwefelt werden sollen. Der älteste stammt aus 1748. Zuletzt wurde eine neue Kelterhalle mit modernster Technik errichtet, weitere Erweiterungen sind in Planung, die Umstellung auf biologischen Weinbau wurde in Angriff genommen. Schloss Johannisberg führt auch ein Restaurant, das Mittwoch bis Sonntag geöffnet hat.